В общее дело Победы внесла свой заметный вклад Гидрометслужба, она была полностью включена в состав Вооруженных сил СССР и заняла важное место в сложном комплексе боевой работы штабов.

Главное Управление гидрометеорологической службы войск в начале войны было объединено с Гидрометеорологической службой войск, была создана Гидрометеорологическая служба Красной Армии, которую всю войну возглавлял Герой Советского Союза, генерал-лейтенант Е.И. Федоров.

С самого начала войны широкое применение получила воздушная разведка погоды. Первый период войны для гидрометслужбы был исключительно трудным.

В ночь на 22 июня 1941 года Германия и её сателлиты прекратили передачу сведений о погоде по радио, перестали поступать они и с территории, занятой противником, а также из ряда прифронтовых районов. Синоптические карты стали выглядеть как бы «обрезанными». Анализ атмосферных процессов и разработка прогнозов погоды были крайне затруднены.

В течение всей войны совершенствовались формы и методы обеспечения войск, разрабатывалась система взаимодействия в работе метеорологической службы авиации с подразделениями гидрометслужбы сухопутных войск. Наиболее эффективно использовались боевые возможности, учитывая погодные условия.

У нас в Забайкалье Читинское управление гидрометеорологической службы в начале войны стало Управлением Гидрометслужбы ЗабВО, затем Управление гидрометслужбы забайкальского фронта, которое работало, в основном, на нужды фронта, осуществляло обслуживание командования и частей Забайкальского военного округа гидрометеорологическими прогнозами и информацией.

К началу Великой Отечественной войны гидрометслужба Забайкалья представляла собой слаженную оперативно-производственную организацию, которая возглавлялась Читинским управлением гидрометслужбы.

В составе Читинского управления гидрометслужбы находились оперативные, режимные, хозяйственные и другие подразделения в Чите; более 70 станций, в том числе авиаметстанции при аэропортах, а также свыше 80 гидрологических постов. В гидрометслужбе Забайкалья трудилось около 600 человек.

В октябре 1941 года гидрометслужба страны была передана в ведение Комитета обороны СССР и стала именоваться Главное Управление Гидрометслужбы Красной Армии. Возглавлял службу генерал-майор инженерной службы Евгений Константинович Федоров (бывший полярник). Читинское управление гидрометслужбы было передано штабу Забайкальского Военного Округа (ЗабВО) с дислокацией в г. Чите и переименовано в Управление гидрометслужбы ЗабВО. Руководящий состав управления был укомплектован военнослужащими (22 человека), а остальные работники числились вольнонаемными. Возглавлял Управление гидрометслужбы ЗабВО военный инженер 2-го ранга Николай Иванович Начинкин.

Управление Гидрометслужбы ЗабВО продолжало выполнять работы мирного времени и, кроме этого, производило дополнительно все, что требовалось для военных целей.

В начале 1942 года УГМС ЗабВО было переименовано в Управление гидрометслужбы Забайкальского фронта с присвоением ему статуса воинской части № 1383.

В этом же году  в УГМС Забайкальского фронта было организовано 7 гидрометеорологических отрядов для обследования рек Забайкалья по специальной программе, на отдельных участках территории Забайкалья проводились анемометрические съемки. В 1943 году УГМС Забайкальского фронта было передано 2 авиазвена с личным составом (пилоты, авиамеханики, авиатехники), материальной частью: два самолета УТ-2 и 2 самолета типа «Харикейн» для производства авиазондирования атмосферы. В 1945 году на базе двух авиазвеньев был организован авиаотряд, основной задачей которого было самолетное зондирование атмосферы и разведка погоды.

В конце 1944 года Н.И. Начинкин был освобожден от должности начальника УГМС Забайкальского фронта и отозван в ГУГМС КА, а назначен был новый начальник инженер-майор Пушкарев Василий Филиппович.

Сотрудники УГМС, в том числе некоторые начальники станций, были призваны в Красную Армию. Среди них были и начальники таежных гидрометстанций Бомнак, Дамбуки, Локшак. Семьи их выехали, оставив радиостанции без соответствующего присмотра. По заданию штаба Забайкальского фронта радиостанции были вывезены нарочным работником гидрометслужбы

На гидрометстанциях были созданы неприкосновенные запасы (в основном консервированные продукты питания), которые были на учете и выдавались по соответствующим документам представителям, в основном, инспекторскому составу, что исключало возможность зависимости инспектора от коллектива станции.

Для штаба Забайкальского фронта в секторе службы погоды составлялись вручную синоптические карты и ежедневно высылались по назначению. Управление гидрометслужбы имело свой сектор связи, который по установленным каналам, передавал соответствующую гидрометеорологическую информацию и на который поступала информация с таежных ГМС.

В военное время сеть гидрометстанций и постов была сохранена полностью и получила дальнейшее развитие. В 1944 г. была открыта авиаметстанция с прогностической частью на авиазаводе в Улан-Удэ. Организована и работала экспедиция по трассе Чита – Верхний Ципикан, где была открыта в 1944 году гидрометстанция Верхний Ципикан. В этом же году открыт гидрологический пост в поселке Кудая, река Уров. Оказывалась помощь в развитии гидрометслужбы Монгольской Народной Республике и Маньчжурии, где помимо гидрометстанций было открыто 8 авиаметеорологических станций.

В военное время УГМС Забайкальского фронта имело свое подсобное хозяйство, где в основном выращивался картофель и овощи для пополнения ресурсов управленческой столовой. Столовая была построена руками работников УГМС Забайкальского фронта. Кроме этого, хозяйство поставляло мясо (в основном свинину), которое выделялось военнослужащим, выезжавшим в командировки, и частично выделялось в виде пайков. Штат подсобного хозяйства состоял из 7 человек (руководитель, бухгалтер и 5 рабочих). Подсобное хозяйство имело 2 лошади и некоторый сельскохозяйственный инвентарь. Для сезонных массовых работ в подсобном хозяйстве (сенокос, уборка картофеля и овощей) привлекался коллектив гидрометслужбы Забайкалья. На территории управления гидрометслужбы было овощехранилище, построенное собственными силами. Во всех помещениях было печное отопление, дрова заготавливались работниками гидрометслужбы. Хозяйственными делами ведал, в основном, заместитель начальника управления.

Решением ГУГМС КА УГМС Забайкальского фронта было определено координирующим управлением по гидрометобеспечению вооруженных сил Забайкальского военного округа и Забайкальского фронта. В координацию УГМС Забайкальского фронта входили Иркутское и Якутское УГМС. В ноябре 1945 года офицерский состав УГМС Забайкальского фронта был демобилизован, и вся гидрометслужба СССР продолжала работать по планам мирного времени.